水利會經費用途如下：
一、興辦、更新改善或維護灌溉及排水工程設施之支出。
二、管理及總務支出。
三、其他有關支出。
第5條
水利會經費之保管及運用，應注重效益性及安全性，除定額零用金外，應存儲於政府之水利、土地或農業金融機構，如有特殊需要，存儲於其他銀行者，應敘明理由報行政院農業委員會（以下簡稱農委會）核定之。
前項存儲於其他銀行者，仍應依照農田水利會組織通則第
三十二條規定，其代收經管所得之盈餘提撥百分之二十，作為農田水利會聯合機構之輔導費用。
第一項存儲金融機構或其他銀行與水利會之權利義務應以契約約定，並事先報請農委會核定。
--106年3月3日修正前條文--
水利會經費之保管及運用，應注重效益性及安全性，除定額零用金外，應存儲於政府之水利、土地或農業金融機構，如有特殊需要，存儲於其他銀行者，應敘明理由報農委會核定之。
前項存儲於其他銀行者，仍應依照農田水利會組織通則第
三十二條規定，其代收經管所得之盈餘提撥百分之二十，作為農田水利會聯合機構之輔導費用。
第一項存儲銀行與水利會之權利義務以契約約定之，並應事先報請農委會核定。
第6條
水利會為增進財務收益並兼顧安全性原則，得購買政府公債、國庫券、投資政府為發起人之一之農業金融機構，或投資配合政府農業、工業政策，並由政府輔導成立之股份有限公司及該公司募集之基金。
前項由政府輔導成立之股份有限公司，指依公營事業移轉民營條例
第五條規定，經行政院核定移轉民營或其轉投資之股份有限公司，或國家發展委員會報奉行政院同意，由國家發展基金參與投資之股份有限公司。
投資第一項股份有限公司或基金者，以近三年每年度收支決算有結餘，且未接受政府補助會費之水利會為限。其投資總額度，不得超過其前一年度決算累積盈餘百分之二十。
--107年4月25日修正前條文--
水利會為增進財務收益並兼顧安全性原則，得購買政府公債、國庫券、投資政府為發起人之一之農業金融機構或投資配合政府農業、工業政策，並由政府輔導成立之股份有限公司。
前項由政府輔導成立之股份有限公司，指依公營事業移轉民營條例
第五條規定，經行政院核定移轉民營或其轉投資之股份有限公司。
--106年3月3日修正前條文--
水利會為增進財務收益並兼顧安全性原則，得購買政府公債、國庫券或投資政府為發起人之一之農業金融機構。
第7條
水利會有關預算編製與執行及決算編造，應依農田水利會預算及決算編製要點及相關法令規定辦理。
第8條
水利會會計事務之處理，應依農田水利會會計制度及相關法令規定辦理。
第9條
水利會財產之處分應注重時效性及收益性，其財產處理要點，由農委會另定之。
第10條
水利會之採購應注重公平、公開、效率及品質，除符合政府採購法
第四條規定之補助應依其規定辦理外，由農委會參酌相關法令規定訂定採購作業實施要點。
第11條
水利會出納、財物、車輛及宿舍管理，除農委會另定有規定者外，準用行政院相關事務管理規定辦理。
水利會印鑑管理，應達到內部控制目的，各項存款及支票應由會長、主辦主計人員及主辦出納人員共同具名簽章，並由本人或其授權人分別保管。
第12條
農委會得視業務需要，對水利會財務收支及相關簿籍、憑證或文件，實施定期或不定期之查核，水利會人員應配合辦理，遇有疑問或需要有關資料，應詳實答復或提供之。
第13條（刪除）
--103年5月9日修正前條文--
直轄市主管機關應依本通則第
三十四條規定訂定農田水利會財務處理辦法，未訂定前得準用本辦法之規定辦理。
第14條
本辦法自發布日施行。
本辦法中華民國一百零三年五月九日修正之第
十三條，自一百零三年六月一日施行。
--103年5月9日修正前條文--
本辦法自發布日施行。
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