输出动植物特定疫病或有害生物之采样检查，其费用依下列规定按每批每种动物疫病或植物有害生物收取。但动物特定疫病检查有急迫需求者，加倍计收之：
一、酵素结合免疫吸附法，计收一千元。
二、聚合~连锁反应试验，计收一千六百元。
三、反转录聚合~连锁反应试验，计收二千一百元。
四、即时反转录聚合~连锁反应试验，计收三千一百元。
五、病毒分离试验，计收三千六百元。
第5条
检疫物品之输出人、输入人（以下简称申请人）或其代理人应于申请检疫时，缴验结汇证件或其他销货证件，以凭计收检疫费。未能于申请检疫时缴验者，得于发证前补行缴验。但经有关机关授权产销团体统一计价者，得免缴验。
--103年2月20日修正前条文--
检疫物品之输出人、输入人（以下简称申请人）或其代理人应于申请检疫时，缴验结汇证件或其他销货证件，以凭计收检疫费。未能于申请检疫时缴验者，得于发证后二周内补行缴验。但经有关机关授权产销团体统一计价者，得免缴验。
第6条
免办输入、输出许可证之检疫物品，其检疫费依下列规定计收：
一、输入检疫物品，依申请人或其代理人于申请检疫时缴验经报关人签章之外货进口报单或国外出口商商业发票等结汇证件计收。
二、输出检疫物品，依申请人或其代理人于申请检疫时缴验信用状或经报关人签章之国货出口报单计收。但在厂场当地申请检疫者，依缴验国内销货发票、商业发票或其他价格证明计收。
第7条
检疫物品有下列情形之一者，免收检疫费：
一、军用物资持有军事机关证明文件。
二、进口军、公粮食持有粮政机关证明文件。
三、旅客及服务于车、船、航空器人员携带或经邮递动植物或其产品，在输出入动植物检疫机关规定限额内。
四、输出生鲜、冷藏或冷冻畜禽肉类已缴纳屠宰卫生检查费。
--103年2月20日修正前条文--
下列检疫物品免收检疫费：
一、援助或救济物资持有政府机关证明文件者。
二、军用物资持有军事机关证明文件者。
三、进口军公粮食持有粮政机关证明文件者。
四、旅客及服务于车、船、航空器人员携带或经邮递动植物或其产品，在输出入动植物检疫机关规定限额内者。
五、输出生鲜、冷藏或冷冻畜禽肉类已缴纳屠宰卫生检查费者。
第8条
输出检疫物品以外币为货款者，按财政部关务署订定每旬报关适用外币汇率表换算为新台币，核计检疫费。
--103年2月20日修正前条文--
输出检疫物品以外币为货款者，按财政部关税总局订定每旬报关适用外币汇率表换算为新台币，核计检疫费。
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第三章 作业费
第9条
动植物检疫机关派员执行临场检疫、检疫处理、押运、设施或场地审查等检疫业务，依下列规定计收临场费：
一、每人每次新台币五百元。如无法于当日往返，其费用依国内出差旅费报支要点规定之各项费用基准计收。
二、每批检疫物品计收检疫人员一人次之临场费。
三、同一申请人，申报多批存置于同一处所之检疫物品，同时临场检疫者，计收检疫人员一人次之临场费。
前项各款情形于检疫物品数量过多，非一人一日所能完成者，动植物检疫机关得依实际派员及日数，计收临场费。
动植物检疫机关于港、站之仓储、货柜场或其他场所设置派驻办公处所，并派员执行检疫业务者，免收临场费。
第10条
输出入动物须送动植物检疫机关所备场所隔离检疫者，或经核准在其他指定场所隔离检疫者，依
附表一动物系留费收费基准计收动物系留费。
逾越检疫系留规定时限后之系留费，依延长系留日数计收场地费及延长作业费。
在其他指定场所隔离者，经检疫机关派员临场检疫者，依前条第一项及第二项规定计收临场费，免收场地费。
第11条
输出入之动物在隔离检疫期间死亡，其尸体经焚毁处理者，依
附表二动物尸体焚毁费收费基准计收动物尸体焚毁费。
第12条
申请人或其代理人申请延长检疫作业者，依下列规定办理：
一、延长作业以在办公时间内申请为原则。
二、延长作业时间区分如下：
（一）平常日延长作业时间为上午六时至上班前，中午休息时间及下班后至下午十时前。
（二）假日延长作业时间为上午六时至下午十时。
（三）特别延长作业时间为每日下午十时后至翌日上午六时前。
三、延长作业费依下列规定计收：
（一）平常日延长作业费每批二百元。
（二）假日延长作业费每批一千元。
（三）特别延长作业费每批二千元。
（四）执行检疫业务跨越前款不同作业时间者，仅收较高延长作业费之费用。
四、经核准注销延长作业者，其所缴之延长作业费应发还，或于其次批检疫物品申请检疫时予以抵缴，并在申请书内注明。
五、第三款规定按批计收之延长作业费，同一申请人，申报多批存置于同一处所之检疫物品，同时临场检疫者，其应缴延长作业费，按一批计收。
六、旅客及服务于车、船、航空器人员随身携带动植物或其产品检疫，不另计收延长作业费。
--103年2月20日修正前条文--
申请人或其代理人申请延长检疫作业者，依下列规定办理：
一、延长作业以在办公时间内申请为原则。
二、延长作业时间区分如下：
（一）平常日延长作业时间为上午六时至上班前，中午休息时间及下班后至下午十时前。
（二）假日延长作业时间为上午六时至下午十时。
（三）特别延长作业时间为每日下午十时后至翌日上午六时前。
三、延长作业费依下列规定计收：
（一）平常日延长作业费每批新台币二百元。
（二）假日延长作业费每批新台币一千元。
（三）特别延长作业费每批新台币二千元。
四、经核准注销延长作业者，其所缴之延长作业费应发还，或于其次批检疫物品申请检疫时予以抵缴，并在申请书内注明。
五、第三款规定按批计收之延长作业费，同一申请人，申报多批存置于同一处所之检疫物品，同时临场检疫者，其应缴延长作业费，按一批计收。
六、旅客及服务于车、船、航空器人员随身携带动植物或其产品检疫，不另计收延长作业费。
第13条
输出入之检疫物经检疫后，认须再为下列处理者，依下列规定计收检疫处理费：
一、熏蒸、消毒，依
附表三计收检疫处理费。
二、海没、饲养、栽培、运送、销毁：依实际支出计收检疫处理费。
输出入检疫案件，除临柜自行缮打申请书或网路申报者外，每一申请案件计收申报资料键输费新台币一百元。
--105年2月25日修正前条文--
输出入之检疫物品经检疫后，认须再为下列处理者，依下列规定计收检疫处理费：
一、熏蒸、消毒，依附表三计收检疫处理费。
二、海没、饲养、栽培、运送、销毁：依实际支出计收检疫处理费。
前项所定熏蒸、消毒业务委托民间经营者，其收费依委托经营契约之规定。但受托经营者最大利润以不超过税前报酬率百分之十五为限。
输出入检疫案件，除临柜自行缮打申请书或网路申报者外，每一申请案件计收申报资料键输费新台币一百元。
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第四章 工本费
第14条
输出检疫物品依下列规定计收检疫标识工本费：
一、一般检疫标识：每件一张，每张新台币一元。
二、货柜专用检疫标识：货柜每柜一张，每张新台币八十元。
旅客及服务于车、船、航空器人员携带或经邮递动植物或其产品在输出入动植物检疫机关规定限额内所携带动植物或其产品，免收检疫标识工本费。
第15条
各种检疫证明书之分割、补发、换发、缮发副本，每份新证明书计收工本费新台币五十元。
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第五章 附 则
第16条
本办法所定规费之收取依预算程序办理。
第17条
本办法修正施行前已排妥动物隔离场所者，其系留费依修正前之收费基准计收费用。
第18条
本办法自中华民国九十六年五月一日施行。
本办法修正条文自发布日施行。
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